Общее руководство работой и развитием транспорта в НРБ осуществляет Министерство транспорта, в его функции входят, в частности, разработка прогнозов развитых отдельных видов транспорта; участие в разработке перспективных и годовых транспортных планов; контроль за капитальным строительством, осуществляемым государственными хозяйственными объединениями транспорта, и руководство строительством новых крупных объектов, финансируемым госбюджетом; распределение контрольных цифр и разработка с участием Государственного Комитета планирования определенного числа плановых заданий объединениям и предприятиям; контроль за поступлением доходов в государственный бюджет от транспортных объединений и предприятий. Вопросы, связанные с развитием материально-технической базы транспорта, координируются Министерством транспорта совместно с соответствующими местными органами государственной власти.
На транспорте НРБ созданы хозяйственные объединения, осуществляющие руководство его отдельными видами: «Болгарские государственные железные дороги», «Автотранспорт», «Водный транспорт», «Болгарская гражданская авиация» («Балкан»), «Международные автомобильные перевозки».
Все государственные хозяйственные объединения работают на принципах полного хозрасчета, а предприятия, входящие в них, на принципах внутреннего хозрасчета.
«Автотранспорт» включает в себя 28 окружных автокомбинатов, размещенных в окружных городах страны. В их состав входят так: же филиалы, создаваемые на крупных железнодорожных станциях.
Помимо того, в системе Министерства транспорта организованы хозяйственные объединения по строительству и по коммерческой деятельности, имеются также научные институты, медицинские учреждения и учебные заведения. К строительным организациям
относятся: Главное управление дорог (поддержание дорог в исправном состоянии, дорожная сигнализация и другие вопросы); «Дорстрой» (строительство дорог, мостов, туннелей, метрострой, коммуникационная дорожная связь, электрификация железных дорог, расширение и реконструкция дорог); «Трансстрой» (строительство аэропортов, железнодорожных-, аэро- и автовокзалов, портов, зданий и сооружений для транспорта, терминалов, заправочных станций, мотелей, домов отдыха для транспортных рабочих, депо, стоянок и т. д.).
В систему коммерческой организации входят: «Транскомплект» (комплектование транспорта материалами, сырьем, узлами и агрегатами/измерительной аппаратурой, устройствами, стендами и т. д.); ДТО «Трансинпекс» (доставка иностранных устройств, агрегатов, транспортных средств и механизмов, запасных частей и материалов, лицензионное дело и технология, а также экспорт аналогичной продукции).
На транспорте функционируют крупные научно-исследовательские институты, среди которых Центр транспортной кибернетики и автоматики и Институт комплексных транспортных проблем.